「席を外す」という言葉は、いくつかの異なる状況を指して用いられます。
「状況１」で、席を外している人物あての電話を受けたときなどに、次のように言うことができます。なお、2番目の文は、彼女が外出などの理由で職場の外におり、結果、「席を外している」ことを表します。
I'm sorry, he's not at his desk at the moment.
申し訳ございません、彼はただいま席を外しております。
I'm sorry, she's out right now.
申し訳ございません、彼女はただいま席を外しております。
ネイティブスピーカーは「席にいない」と「外出している」をあまり厳密に区別しないようです。実際、どちらなのかはっきりしない場合も少なくないわけで、とにかく「席を外している」状況なら、話し手の判断でどちらもよく使われる表現です。
また2つ目の文の「be out」は必ずしも「外出中」とは限りません。オフィス（の部屋・スペース）や建物の「外にいる」と言っているにすぎないので、例えばちょっと外の自販機へ買い物に行ったとか、たばこを吸いに出たとか、社内の別の場所で打ち合わせしているといった場合が含まれます。
「状況2」として、会議や会合などの場から、自分が一時的に「席を外す」必要があるようなケースが考えられます。その場合、たとえば次のように言うことができます。
Please excuse me for a moment.
ちょっと席を外させてください。
また、誰かと内密の話などがあり、その場に同席してほしくない人物に「席を外す」よう依頼する場面もありえます。その場合には、次のように言うことができます。
Would you excuse us for a moment?
ちょっと席を外していただけますか。
